卵巢癌轉(zhuǎn)移體細胞突變及其相關(guān)功能通路分析
關(guān)鍵詞：卵巢腫瘤 體細胞突變基因 卵巢轉(zhuǎn)移 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
摘要：目的借助癌癥體細胞突變目錄(COSMIC)數(shù)據(jù)庫中原發(fā)性卵巢癌和轉(zhuǎn)移性卵巢癌兩類癌組織的全外顯子測序數(shù)據(jù),篩選轉(zhuǎn)移性癌相對于原發(fā)性癌突變率差異具有統(tǒng)計學意義的體細胞基因群,并對其影響的功能和信號通路進行分析。方法從COSMIC數(shù)據(jù)庫下載全部腫瘤的全外顯子測序數(shù)據(jù),從中提取全部卵巢癌全外顯子測序數(shù)據(jù),在R 3.5.3環(huán)境下,對每個基因突變在原發(fā)性卵巢癌和轉(zhuǎn)移性卵巢癌兩類樣本中的突變率行χ2檢驗或Fisher確切概率法分析,尋找突變率差異具有統(tǒng)計學意義的基因群,并進一步將差異突變基因群進行基因本體(GO)功能及京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析,探尋其顯著富集的GO功能和KEGG通路。結(jié)果對比原發(fā)性卵巢癌與轉(zhuǎn)移性卵巢癌兩類組織樣本共發(fā)現(xiàn)520個突變率差異具有統(tǒng)計學意義的體細胞突變基因,包括跨膜絲氨酸蛋白酶13(TMPRSS13)、高爾基蛋白轉(zhuǎn)運抑制劑A抗性因子1(GBF1)、Fos樣抗體2(FOSL2)、主導控制樣蛋白3(MAML3)等。突變基因群GO功能富集分析發(fā)現(xiàn)顯著富集的GO功能包括突觸前組織、樹突發(fā)育、通過質(zhì)膜黏附分子的細胞黏附、肌動蛋白結(jié)合等,突變基因群KEGG通路富集分析發(fā)現(xiàn)顯著富集通路包括肌動蛋白細胞骨架的調(diào)節(jié)、三磷酸腺苷結(jié)合盒運載體等。結(jié)論探尋原發(fā)性卵巢癌與轉(zhuǎn)移性卵巢癌之間差異體細胞突變基因群及其相關(guān)功能通路可為深入揭示卵巢癌的轉(zhuǎn)移調(diào)控機制提供線索,顯著突變基因群可能成為卵巢癌轉(zhuǎn)移診治的生物標志物。
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