紅白錦鯉皮膚轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析
關(guān)鍵詞：紅白錦鯉 轉(zhuǎn)錄組 高通量測(cè)序 皮膚
摘要：為進(jìn)一步開發(fā)紅白錦鯉Cyprinus carpio haematopterus膚色基因資源,采用Illumina PE150高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)體長(zhǎng)為(28.34±3.12)cm的紅白錦鯉的白色和紅色皮膚組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,獲得116.26 Gb Clean Date,并與Nr、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG等7個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行BLAST信息比對(duì),共獲得10 476個(gè)注釋基因。結(jié)果表明:Nr數(shù)據(jù)庫注釋成功比例最高,為35.62%;通過功能、通路富集分析,差異基因富集在包括激動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)節(jié)/黏著斑通路在內(nèi)的132個(gè)代謝途徑;隨機(jī)選取9個(gè)差異基因進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證發(fā)現(xiàn),紅白錦鯉皮膚差異表達(dá)基因的表達(dá)趨勢(shì)與RNA-seq定量結(jié)果一致,表明轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果是可靠的。本研究中獲得的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可為今后觀賞魚膚色關(guān)鍵基因開發(fā)及功能分析等研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
大連海洋大學(xué)學(xué)報(bào)雜志要求:
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