基于高通量測(cè)序發(fā)掘番木瓜果實(shí)成熟相關(guān)miRNA
關(guān)鍵詞：番木瓜 乙烯 小rna 高通量測(cè)序 果實(shí)
摘要：【目的】番木瓜是典型的呼吸躍變型果實(shí),外源乙烯處理使番木瓜呼吸躍變提前,促進(jìn)果實(shí)成熟。分離番木瓜果實(shí)成熟相關(guān)miRNA,為深入了解呼吸躍變型果實(shí)的成熟分子機(jī)制奠定基礎(chǔ)?！痉椒ā坷酶咄繙y(cè)序技術(shù)對(duì)乙烯(ETH)、1-MCP和清水對(duì)照(CG)處理的番木瓜果實(shí)進(jìn)行miRNA和轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序,然后對(duì)測(cè)序獲得數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,進(jìn)行miRNA鑒定和靶基因預(yù)測(cè),并與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。【結(jié)果】乙烯、1-MCP和對(duì)照處理分別獲得10734196、16486803和16067290條純凈序列,共鑒定出523個(gè)miRNA。其中,已知miRNA個(gè)數(shù)為1-MCP(303)、CG(214)和ETH(239),新miRNA個(gè)數(shù)為1-MCP(184)、CG(188)和ETH(114)。與對(duì)照相比,在乙烯處理中上調(diào)和下調(diào)表達(dá)的miRNA分別是123和72條。靶基因預(yù)測(cè)共獲得5053個(gè)靶基因,KEGG功能富集分析顯示它們參與了戊糖、葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)換、淀粉和蔗糖代謝、卟啉和葉綠素代謝、類胡蘿卜素合成等代謝途徑。篩選出的番木瓜果實(shí)成熟衰老相關(guān)候選miRNA,包含4個(gè)果實(shí)軟化調(diào)控相關(guān)miRNA(miR167-y、miR4993-x、miR3946-x和miR5059-x)、3個(gè)果實(shí)顏色調(diào)控相關(guān)miRNA(miR4993-x、miR815-y和miR7810-x)、3個(gè)激素調(diào)控相關(guān)miRNA(miR4993-x、miR8004-x和miR9722-x)和4個(gè)轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控相關(guān)miRNA(miR5641-y、miR9722-x、miR838-y和miR319-y)。【結(jié)論】篩選的番木瓜果實(shí)成熟衰老相關(guān)miRNA為今后果實(shí)成熟衰老調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究提供了可能的線索。
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