水稻OsHDT703基因的可變剪接體分析
關(guān)鍵詞：水稻 hd2蛋白家族 可變剪接 生物信息學(xué)
摘要：為了克隆水稻HD2蛋白基因OsHDT703,并分析其存在的可變剪接體。利用生物信息學(xué)分析,結(jié)合RT-PCR、TA克隆和測(cè)序等方法,鑒定1個(gè)水稻中全新的HD2蛋白成員(OsHDT703)。結(jié)構(gòu)域分析發(fā)現(xiàn),在其N端含有HD2家族的NPL保守結(jié)構(gòu)域。選取來源于7個(gè)物種的16個(gè)HD2蛋白,構(gòu)建蛋白進(jìn)化樹,結(jié)果發(fā)現(xiàn),OsHDT703蛋白與OsHDT702蛋白處于同一分支;OsHDT701則處于另一分支,說明水稻中HD2家族蛋白可能存在功能分化。根據(jù)預(yù)測(cè)的不同剪接體設(shè)計(jì)4對(duì)特異性引物,以粳稻中花11葉片和幼穗cDNA為模板,利用RT-PCR擴(kuò)增,結(jié)合TA克隆,通過測(cè)序比對(duì),成功鑒定到4種不同可變剪接體序列。由于3號(hào)(OsHDT703.3)和4號(hào)(OsHDT703.4)剪接體的CDS序列完全相同,所以證明OsHDT703至少存在4種不同可變剪接體。綜上所述,鑒定到水稻中1個(gè)全新的HD2蛋白,命名為OsHDT703,并且鑒定出至少4種存在可變剪接體,為后續(xù)深入研究該基因生物學(xué)功能奠定基礎(chǔ)。
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