巴哈雀稗幼苗葉片轉(zhuǎn)錄組分析
關(guān)鍵詞：巴哈雀稗 轉(zhuǎn)錄組 基因注釋 ssr
摘要：利用Illumina HiSeq 2000高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)巴哈雀稗葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,共計(jì)獲得42844132個(gè)序列讀取片段,包含堿基序列信息6426619800個(gè)。對(duì)讀取片段進(jìn)行序列組裝,得到99235個(gè)單基因簇。圍繞GC含量、測(cè)序質(zhì)量、長(zhǎng)度分布的單基因簇評(píng)估測(cè)序數(shù)據(jù)均顯示質(zhì)量好、可信度較高。與Nr數(shù)據(jù)進(jìn)行序列同源性比對(duì)結(jié)果顯示,有53886個(gè)單基因簇與其他植物的已知基因具有不同程度的同源性。結(jié)合GO數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)巴哈雀稗的單基因簇進(jìn)行功能分類,大致可分成為細(xì)胞組分、分子功能和生物學(xué)過(guò)程3大類共計(jì)70個(gè)分支,其中大量的單基因簇主要與細(xì)胞進(jìn)程、結(jié)合活性及細(xì)胞成分有關(guān)。將單基因簇與COG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)分析,依據(jù)其功能可大致分為25類。以KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)為參考,依據(jù)代謝途徑將單基因簇定位到31個(gè)代謝途徑分支上,具體包含核糖體代謝途徑、碳代謝途徑、氨基酸生物合成途徑、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白加工、剪接體和甜菜紅色素生物合成等。通過(guò)SSR位點(diǎn)查找在巴哈雀稗99235個(gè)單基因簇中共找到12062個(gè)SSR位點(diǎn)。其SSR不同重復(fù)基序類型中,A/T出現(xiàn)頻率最高,其次是AT/GA和AG/CT。
湖南農(nóng)業(yè)科學(xué)雜志要求:
{1}參考文獻(xiàn)的著錄項(xiàng)目要齊全。其著錄順序?yàn)?順序號(hào)，作者，文獻(xiàn)題名，文獻(xiàn)類型標(biāo)識(shí)，版本項(xiàng)（任選）刊名，年，卷(期)；出版地，出版者，出版年，起止頁(yè)（當(dāng)整體引用時(shí)不注）。
{2}論文應(yīng)理論清楚、正確，并且有詳細(xì)實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)，應(yīng)提供中、英文的題名、作者與單位、摘要、關(guān)鍵詞、圖與表題名，提供中文的中圖分類號(hào)、文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼。
{3}請(qǐng)勿一稿多投，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)，本刊將不采用您的稿件。
{4}一級(jí)標(biāo)題用一、二、三、等編號(hào)，二級(jí)標(biāo)題用（一）（二）（三）等編號(hào)，三級(jí)標(biāo)題用1．2．3．等編號(hào)，四級(jí)標(biāo)題用（1）（2）（3）等編號(hào)。
{5}作者姓名置于標(biāo)題下一行。作者單位等內(nèi)容置于姓名下一行（單位全稱，院系，所在省市，郵政編碼）。
注：因版權(quán)方要求，不能公開(kāi)全文，如需全文，請(qǐng)咨詢雜志社
