基于輻射防護(hù)基因集的抗輻射損傷先導(dǎo)化合物預(yù)測
劉禎; 楊曉曦; 王乃震; 伯曉晨 軍事科學(xué)院軍事醫(yī)學(xué)研究院輻射醫(yī)學(xué)研究所; 北京100850; 解放軍960醫(yī)院; 濟(jì)南250031
關(guān)鍵詞：先導(dǎo)化合物 輻射防護(hù)劑 基因表達(dá)譜 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) lincs計劃
摘要：目的利用基于網(wǎng)絡(luò)的細(xì)胞反應(yīng)印記整合文庫(LINCS)計劃的小分子化合物刺激不同細(xì)胞系的轉(zhuǎn)錄譜數(shù)據(jù),構(gòu)建算法評估化合物的抗輻射損傷活性,發(fā)現(xiàn)抗輻射損傷先導(dǎo)化合物。方法基于基因本體(gene ontology,GO)數(shù)據(jù)庫構(gòu)建輻射防護(hù)基因集,并基于基因集富集分析算法構(gòu)建算法評估化合物的抗輻射損傷潛能,預(yù)測具有抗輻射損傷活性的先導(dǎo)化合物。結(jié)果建立了4個具有抗輻射損傷效果的輻射防護(hù)基因集,以及利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)預(yù)測抗輻射損傷先導(dǎo)化合物的方法;在32 560個小分子化合物中預(yù)測獲得了299個抗輻射損傷先導(dǎo)化合物,其中17個已被報道具有抗輻射損傷活性。結(jié)論預(yù)測結(jié)果具有較好參考價值;預(yù)測方法速度快,成本低,可有效發(fā)現(xiàn)具有抗輻射損傷活性的化合物。
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