棉花CLE多肽家族的全基因組鑒定與生物信息學(xué)分析
關(guān)鍵詞：cle基因 多肽 棉花 生物信息學(xué)
摘要：【目的】CLE(CLAVATA3/Embryo surrounding region-related)多肽是一類小分子分泌蛋白,在植物生長發(fā)育過程中,對于維持分生組織細(xì)胞增殖與分化間的平衡起到重要的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和調(diào)控作用。CLE家族是迄今為止報(bào)道的最大的植物多肽分子家族,也是近十年來研究最為熱門的植物多肽激素。盡管CLE基因家族在擬南芥和水稻等模式植物中取得較多的研究進(jìn)展,但在棉花中有關(guān)CLE多肽基因家族的研究尚屬空白。通過對CLE多肽家族的鑒定及演化研究,可以為進(jìn)一步挖掘棉花中的功能多肽及其信號轉(zhuǎn)導(dǎo)研究提供一定的理論基礎(chǔ)?！痉椒ā勘疚囊詠喼廾?Gossypium arboreum L.)、雷蒙德氏棉(G. raimondii Ulbrich)、陸地棉(G. hirsutum L.)和海島棉(G. barbadense L.)為研究對象,利用生物信息學(xué)方法和已鑒定的擬南芥CLE基因序列,在棉花基因組中進(jìn)行同源比對,并對4個棉種中的CLE家族成員進(jìn)行全基因組鑒定和分析?！窘Y(jié)果】共得到148個棉花CLE候選基因。陸地棉和海島棉中CLE基因數(shù)量都分別是亞洲棉和雷蒙德氏棉的2倍。聚類分析將所有CLE基因分為5個亞組。Ka/Ks分析表明大部分基因都經(jīng)歷了負(fù)選擇作用,有11對基因經(jīng)歷了顯著的正選擇作用。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn),除海島棉中的GbCLE39、GbCLE13、GbCLE43,陸地棉中GhCLE34、GhCLE9以及亞組棉中的GaCLE4外,大部分CLE基因在棉花組織中的表達(dá)量較低,這與多肽在植物體內(nèi)含量較低相一致。CLE核心保守基序分析發(fā)現(xiàn)了12個棉花特有的多肽,其中有2個多肽來源于受到強(qiáng)烈正選擇作用的基因,因此在后續(xù)研究中可以對其進(jìn)行進(jìn)一步深入分析?！窘Y(jié)論】本文利用生物信息學(xué)、比較基因組學(xué)等方法,首次對棉花的CLE基因家族進(jìn)行了鑒定和分析,對于進(jìn)一步挖掘棉花中的功能多肽及其信號調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究提供了一定的理論基礎(chǔ)。
棉花學(xué)報(bào)雜志要求:
{1}來稿如獲得某種研究基金或課題資助，請?jiān)谡撐氖醉撟笙陆亲⒚髡n題的名稱和編號。
{2}本刊審稿周期為1個月，逾期未收到用稿通知者，可自行處理。
{3}題目簡明確切地反映文稿的特定內(nèi)容，起畫龍點(diǎn)睛的作用。一般宜20個字左右。
{4}關(guān)鍵詞：3 － 5 個，以“；”分開，左頂格。摘要：50 ～ 200 字，左頂格。
{5}來稿首頁請注明：題名，每位作者的姓名及工作單位，負(fù)責(zé)與編輯部聯(lián)系的通信作者的姓名及其詳細(xì)通訊地址、電話、傳真和Email，并標(biāo)明正文字?jǐn)?shù)、表數(shù)及圖數(shù)。
注：因版權(quán)方要求，不能公開全文，如需全文，請咨詢雜志社
