弓形蟲乳酸脫氫酶2結(jié)構與功能的生物信息學分析
關鍵詞：弓形蟲 乳酸脫氫酶 生物信息學 免疫診斷 疫苗
摘要：目的預測在NCBI Protein文庫中登錄號為AAC46863的弓形蟲乳酸脫氫酶2(LDH2)蛋白序列的結(jié)構和功能特征及其在免疫診斷和疫苗研究方面的應用前景。方法利用NCBI和ExPaSy等生物信息學網(wǎng)站在線分析工具和MEGA7及Vector NTI等軟件包,分析弓形蟲LDH2的理化性質(zhì)、結(jié)構與功能特征。結(jié)果在線軟件ProParam分析該蛋白由326個氨基酸構成,平均親水系數(shù)(GRAVY):0.095,可能為疏水性蛋白。SignalP 4.1 Server預測無信號肽,為非分泌型蛋白。NetPhos 3.1預測該蛋白有21個磷酸化位點,其中絲氨酸磷酸化位點14個,蘇氨酸磷酸化位點6個,酪氨酸磷酸化位點1個。經(jīng)Vector NTI軟件包多序列比對,發(fā)現(xiàn)弓形蟲有一段特異于人、鼠、牛等其他物種的氨基酸序列TGMPEGKALD。分別用ABCpred Prediction Server、SYFPEITHI軟件預測該段特異序列很可能為線性B、T細胞表位。結(jié)論弓形蟲LDH2存在較多的磷酸化位點以及一段特異的氨基酸序列,且該段特異氨基酸序列很可能為線性B、T細胞表位,提示LDH2在弓形蟲病的免疫診斷和疫苗研究方面有較好的應用前景。
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