四川山鷓鴣基因組中內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒的分析
關(guān)鍵詞：四川山鷓鴣 基因組 內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒 內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒家族 內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒年齡
摘要：內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒(ERV)是插入到宿主基因組中的、可以穩(wěn)定遺傳的病毒基因組,能夠在宿主體內(nèi)表達(dá)和復(fù)制,調(diào)節(jié)插入位點(diǎn)附近的基因表達(dá),以及抑制同源病毒的感染。從四川山鷓鴣Arborophila rufipectus基因組中確定了3 962個(gè)全長(zhǎng)ERV拷貝,其中4個(gè)具有完整的結(jié)構(gòu),72個(gè)具有自我復(fù)制的能力,554個(gè)含有g(shù)ag、pol或env基因所編碼的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域。根據(jù)逆轉(zhuǎn)錄酶序列的相似性,確定了7個(gè)ERV家族,并依據(jù)與其他物種的相似性對(duì)家族進(jìn)行了命名。其中,AruERV-L包含122個(gè)ERV拷貝,為拷貝數(shù)最多的家族。7個(gè)ERV家族的年齡分布在0~12百萬年,其中AruERV-K1是最年輕的家族,其約86%的拷貝年齡在1百萬年以內(nèi)。
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