保留非全長讀段的ISO-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄組表達(dá)分析
關(guān)鍵詞：pacbio 轉(zhuǎn)錄組表達(dá) 第三代測序技術(shù) 新型異構(gòu)體檢測 多源映射
摘要：近年來,基于單分子測序技術(shù)的ISO-seq數(shù)據(jù)以其超長讀段長度被越來越多地應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組新型異構(gòu)體預(yù)測研究,但目前大多數(shù)研究工作只用到全長讀段數(shù)據(jù),丟失了非全長讀段數(shù)據(jù)中較多有用信息,因而數(shù)據(jù)沒有得到充分利用。針對這一問題,本文在保留非全長讀段的基礎(chǔ)上提出了兩個(gè)能同時(shí)預(yù)測異構(gòu)體結(jié)構(gòu)和計(jì)算其表達(dá)比例的模型基于狄利克雷采樣的異構(gòu)體探測與預(yù)測(Dirichletsampling for isoform detection and prediction,DSIDP)和基于馬爾科夫鏈的異構(gòu)體探測與預(yù)測(Markovchain for isoform detection and predition,MCIDP)。兩個(gè)模型均從全長讀段中建立異構(gòu)體預(yù)測集,并采用全長讀段和非全長讀段計(jì)算異構(gòu)體表達(dá)比例。DSIDP將所有讀段比對至異構(gòu)體預(yù)測集,并使用Dirichlet采樣解決多源映射問題,MCIDP使用馬爾科夫鏈模擬基因外顯子之間的選擇性剪切,該模型還能預(yù)測出數(shù)據(jù)中沒有全長讀段的異構(gòu)體。本文采用模擬數(shù)據(jù)和真實(shí)數(shù)據(jù)驗(yàn)證了兩個(gè)模型的有效性。
數(shù)據(jù)采集與處理雜志要求:
{1}基金項(xiàng)目：如果論文是項(xiàng)目成果，請按“項(xiàng)目名稱（項(xiàng)目號）”的形式寫出。項(xiàng)目名稱與項(xiàng)目號兩者都要有。
{2}稿件應(yīng)具有科學(xué)性、創(chuàng)新性和實(shí)用性，論點(diǎn)明確、論據(jù)可靠、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確、邏輯嚴(yán)謹(jǐn)、文字通順。
{3}文中圖表或插圖請附清晰的原圖文件（tif. 或eps.格式，不低于600 像素）。
{4}注釋是對論文中某一特定內(nèi)容的解釋或補(bǔ)充說明，用帶圈數(shù)字注于當(dāng)頁頁腳。
{5}稿件文字、標(biāo)點(diǎn)、年代、數(shù)字等書寫方式均以國家有關(guān)規(guī)定為準(zhǔn)。
注：因版權(quán)方要求，不能公開全文，如需全文，請咨詢雜志社
