利用長距離PCR擴增國內(nèi)腸道病毒流行株基因組方法的建立和評價
關(guān)鍵詞：手足口病 腸道病毒 二代測序 全基因組
摘要：目的:通過調(diào)查近年來我國腸道病毒EV-71型和柯薩奇病毒A16型流行株的全基因組序列,建立一種能夠獲得我國腸道病毒序列的通用擴增方法,為今后的手足口病流行病學(xué)分析、致病機理研究等打下基礎(chǔ)。方法:收集我國近5年各地報道的腸道病毒流行株全基因組序列作為參考序列進行比對分析,在保守區(qū)設(shè)計通用引物,利用3'RACE、長距離PCR擴增及簡并引物擴增腸道病毒全基因組序列,采用IonTorrentPGM二代測序儀對擴增產(chǎn)物進行深度測序,以對擴增方法進行驗證和評價。結(jié)果:通過比對腸道病毒流行株序列設(shè)計了通用擴增引物,經(jīng)二代測序?qū)嶒灚@得了腸道病毒全基因組序列;以系列比例模擬混合病毒感染,該擴增方法能夠同時獲得2株腸道病毒的全基因組序列;能夠完整地揭示腸道病毒重組情況。結(jié)論:建立了針對我國近年來腸道病毒流行株的通用全基因組擴增方法,在病毒培養(yǎng)液中腸道病毒的提取與擴增中顯示了較高的靈敏度,能夠反映混合病毒感染、重組病毒的情況。
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