基于DNA變形能的核小體定位預(yù)測(cè)方法研究進(jìn)展
關(guān)鍵詞：核小體定位 核小體占據(jù)率 旋轉(zhuǎn)定位 dna變形能 力常數(shù)
摘要：真核細(xì)胞中,作為染色質(zhì)基本結(jié)構(gòu)單元的核小體參與調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄、DNA復(fù)制、重組以及RNA剪接等諸多生物學(xué)過(guò)程。闡明核小體定位機(jī)制并準(zhǔn)確預(yù)測(cè)核小體在染色體上的位置對(duì)解讀染色質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能有重要生物學(xué)意義。在過(guò)去30多年時(shí)間里,研究人員發(fā)展了多種預(yù)測(cè)核小體位置的方法。最理想的方法應(yīng)考慮DNA序列、組蛋白修飾和染色質(zhì)重塑等影響核小體定位的諸多因素,然而現(xiàn)實(shí)中,捕捉主要因素的模型也往往具有很高的魯棒性和實(shí)用價(jià)值。DNA序列偏好性是在全基因組尺度上影響核小體定位的最重要因素之一,因此基于DNA序列的核小體定位預(yù)測(cè)方法也最常見(jiàn)。這種方法可大致分為兩類,即基于DNA序列信息的生物信息學(xué)模型和基于DNA變形能的生物物理學(xué)模型。本文重點(diǎn)介紹生物物理學(xué)模型近些年取得的主要進(jìn)展。
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