干旱脅迫下青稞全基因組可變剪切分析
關(guān)鍵詞：青稞 干旱脅迫 全基因組 可變剪切分析
摘要：為闡明青稞在旱脅迫下基因發(fā)生可變剪切的規(guī)律,本研究以抗旱的“喜拉16號(hào)”和旱敏感的“迪慶黑元桂”為試驗(yàn)材料,分別對(duì)對(duì)照和21%PEG濃度下處理的樣本進(jìn)行多時(shí)間點(diǎn)的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。結(jié)果表明,利用LeafCutter軟件在所有的樣品中共檢測(cè)到了22181個(gè)可變剪切事件;通過PCA分析發(fā)現(xiàn),可變剪切具有明顯的品種間特異性;另外,通過與抗旱基因數(shù)據(jù)庫比對(duì)分析發(fā)現(xiàn),在干旱脅迫處理下2個(gè)類型品種間有多個(gè)抗旱相關(guān)的基因發(fā)生了顯著的差異可變剪切,分別是HVUL1H16429(AtrbohF)、HVUL1H12808(HAB1)、HVUL4H58649(ABF4)、HVUL4H35985(AtrbohD)、HVUL7H07799(LOS5)、HVUL3H43774(CLCc)、HVUL3H23631(ABCG40)、HVUL1H16840(MYB60)和HVUL6H08236(AREB1);對(duì)2個(gè)品種各自在對(duì)照與旱脅迫條件下的差異可變剪切基因進(jìn)行pathway分析,發(fā)現(xiàn)了抗旱品種的差異可變剪切基因參與了更多的pathway,并且鑒別出Fatty acid degradation、Inositol phosphate metabolism、alpha-Linolenic acid metabolism和Fatty acid metabolism這4條通路顯著富集。為解析青稞抗旱分子機(jī)理與培育青稞抗旱新品種奠定了理論基礎(chǔ)。
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