基于高通量芯片和生物信息學(xué)篩選系統(tǒng)性紅斑狼瘡核心基因及通路
關(guān)鍵詞：系統(tǒng)性紅斑狼瘡 生物信息學(xué) 差異表達(dá)基因 核心基因
摘要：目的通過(guò)生物信息學(xué)方法探究系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者的外周血細(xì)胞差異表達(dá)基因及相關(guān)信號(hào)通路,尋找潛在的SLE特異性分子標(biāo)志物。方法利用GEO數(shù)據(jù)庫(kù)旗下的GEO2R分析工具分析基因芯片GSE65391并篩選差異基因(differentially expressed genes,DEGs),利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)分析DEGs獲得其GO富集分析和KEGG信號(hào)通路分析的結(jié)果。利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò),再將結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape軟件中篩選核心基因并繪制蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖。結(jié)果篩選獲得了47個(gè)差異基因,其中表達(dá)上調(diào)的基因46個(gè),表達(dá)下調(diào)的基因1個(gè)。GO富集分析表明DEGs主要參與了病毒防御反應(yīng)過(guò)程、I型干擾素信號(hào)通路和病毒基因組復(fù)制的負(fù)調(diào)控等生物學(xué)過(guò)程。KEGG信號(hào)通路富集分析主要包括了甲型流感病毒感染、麻疹病毒感染和EB皰疹病毒感染等信號(hào)通路。篩選獲得了3個(gè)核心基因?yàn)镮FI44L、IFIT3和RSAD2。結(jié)論通過(guò)生物信息學(xué)分析獲得SLE的DEGs、核心基因、生物學(xué)過(guò)程和信號(hào)通路等信息,為探究SLE的發(fā)病機(jī)制、發(fā)現(xiàn)診斷標(biāo)志物和探索藥物治療靶點(diǎn)提供理論依據(jù)與新的方向。
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