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          基因組時(shí)代線粒體基因組拼裝策略及軟件應(yīng)用現(xiàn)狀

          匡衛(wèi)民; 于黎 云南大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院; 省部共建生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 昆明650091

          關(guān)鍵詞:全基因組 線粒體基因組 有參考序列拼裝方法 從頭拼裝方法 拼裝軟件 

          摘要:隨著測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展,越來(lái)越多物種的全基因組數(shù)據(jù)被測(cè)定和廣泛應(yīng)用。在二代基因組數(shù)據(jù)爆發(fā)式增長(zhǎng)的同時(shí),除了核基因組數(shù)據(jù),線粒體基因組數(shù)據(jù)也非常重要。高通量測(cè)序的全基因組序列中除了核基因組序列也包括線粒體基因組序列,如何從海量的全基因組數(shù)據(jù)中提取和拼裝線粒體基因組序列并加以應(yīng)用成為線粒體基因組在分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和醫(yī)學(xué)等方面的研究方向之一?;诖?從全基因組數(shù)據(jù)中提取線粒體基因組序列的策略及相關(guān)的軟件不斷發(fā)展。根據(jù)從全基因組數(shù)據(jù)中錨定線粒體reads的方式和后續(xù)拼裝策略的不同,可以分為有參考序列拼裝方法和從頭拼裝方法,不同拼裝策略及軟件也表現(xiàn)出各自的優(yōu)勢(shì)和局限性。本文總結(jié)并比較了當(dāng)前從全基因組數(shù)據(jù)中獲得線粒體基因組數(shù)據(jù)的策略和軟件應(yīng)用,并對(duì)使用者在使用不同策略和相關(guān)軟件方面給予建議,以期為線粒體基因組在生命科學(xué)的相關(guān)研究中提供方法上的參考。

          遺傳雜志要求:

          {1}參考文獻(xiàn)盡可能使用近5年公開(kāi)發(fā)表的文獻(xiàn),數(shù)量在10—30條,采用順序編碼制著錄,依照其在文中出現(xiàn)的先后順序用阿拉伯?dāng)?shù)字標(biāo)出,并將序號(hào)置于方括號(hào)中,排列于文后。

          {2}稿件自來(lái)稿之日起三個(gè)月內(nèi)未接到本刊錄用通知,作者可自行處理。本刊對(duì)決定采用的稿件有權(quán)進(jìn)行刪改。

          {3}如果能用文字簡(jiǎn)潔說(shuō)明的內(nèi)容就不必列表。圖、表按其在正文中出現(xiàn)的先后次序連續(xù)編碼,每幅圖表應(yīng)冠有圖表序號(hào)及圖題、表題。

          {4}基金項(xiàng)目:獲得基金資助產(chǎn)出的文章應(yīng)注明基金項(xiàng)目名稱,并在括號(hào)內(nèi)注明其項(xiàng)目編號(hào)。

          {5}關(guān)鍵詞是反映論文主題概念的詞或詞組,為了便于檢索,一般應(yīng)選取稿件中的關(guān)鍵性詞組,數(shù)量要適中,3~8個(gè)。

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