云南不同地區(qū)蜘蛛蘭上朱頂紅褪綠環(huán)斑病毒RNAS序列分析
關(guān)鍵詞：蜘蛛蘭 番茄斑萎病毒屬 朱頂紅褪綠環(huán)斑病毒 突變 重組
摘要：朱頂紅褪綠環(huán)斑病毒（Hippeastrum chlorotic ringspot virus，HCRV）是2013年首次發(fā)現(xiàn)并報(bào)道的番茄斑萎病毒屬（Tospovirus）的新種，該病毒可引起蜘蛛蘭產(chǎn)生同心環(huán)紋、葉片畸形、壞死斑等癥狀。本研究從云南省不同地區(qū)選出6份HCRV單獨(dú)侵染的蜘蛛蘭樣本，通過RT-PCR、克隆、轉(zhuǎn)化、測序和拼接，獲得6份樣本的HCRV分離物RNAS序列。6個(gè)分離物S序列長度在2714～2747nt之間，其上編碼的非結(jié)構(gòu)蛋白NSs（Nonstructural protein by the SRNA）的NSs基因是1332nt，編碼N（Nucleocapsid）蛋白的N基因是825nt。通過生物信息學(xué)分析，確定了不同HCRV株系間的關(guān)系。同時(shí)對SRNA序列及其所編碼的非結(jié)構(gòu)蛋白NSs及核殼體蛋白N進(jìn)行突變和重組分析，確定這6個(gè)HCRV分離物的RNAS序列均存在突變和重組事件。結(jié)合6個(gè)分離物采集地的環(huán)境信息，可以看出氣候類型、溫度等環(huán)境差異很大，因此推測云南省多樣的氣候類型跟HCRV在云南省的廣泛分布有關(guān)，在這6個(gè)HCRV分離物中檢測到的快速突變和重組可能是導(dǎo)致HCRV快速適應(yīng)不同環(huán)境，分布范圍廣泛的原因之一。最后，通過系統(tǒng)進(jìn)化分析，推測采集自云南省保山市的HLS—TCRH是6個(gè)HCRV分離物中最先開始進(jìn)化的，由它分為兩個(gè)進(jìn)化支，一支包括玉溪的YN—YX—HT-1和德宏瑞麗的HLS—YNRL-1，另一支包括昆明的HLS—YL，紅河的HLS—HHXY以及臨滄的HLS—LC—YLHW。
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