云南省家鼠疫源地鼠疫耶爾森氏菌分子流行病學特征研究
關鍵詞：鼠疫 云南 家鼠 多位點可變數(shù)目串聯(lián)重復序列分析
摘要：目的探討云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遺傳進化上所處的位置,及其種群流行演化規(guī)律。方法按照不同地點、時間及分離源隨機選取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差異區(qū)段(DFR)、規(guī)律成簇的間隔短回文重復序列(CRISPRs)及多位點可變數(shù)目串聯(lián)重復序列分析(MLVA)3種方法進行分子分型分析;以DFR+CRISPRs雙重方法聚類分析劃分基因簇,以MLVA26對基因簇再次聚類分析劃分亞簇。結果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚為一個簇(家鼠鼠疫簇),其余2株為獨立株;近史流行期、復燃流行期和2016年疫情分離株分別處于不同的亞簇,它們之間的位點差異至少有5個;復燃流行期菌株共有5個亞簇和6個獨立株,其中2個亞簇為主要的基因亞簇,即滇西亞簇和滇西南-滇東-廣西-貴州亞簇,它們之間有4個位點差異。結論家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出現(xiàn)的菌株,近史流行期菌株與復燃流行期菌株菌株存在較大差異,而復燃流行期的鼠疫流行是復燃和擴散并存的結果。
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