新型鴨呼腸孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二級結構預測及其細胞抗原表位分析
關鍵詞：基因特征 二級結構 抗原表位
摘要：本研究旨在對新型鴨呼腸孤病毒(NDRV)QY株σB蛋白的遺傳變異規(guī)律和結構及功能進行分析。從GenBank數(shù)據(jù)庫中獲取QY株和25株參考株的σB蛋白編碼序列,通過Mega 6.0軟件進行序列比對分析和系統(tǒng)進化樹構建;使用Datamonkey軟件進行選擇壓力分析;運用生物信息學軟件預測QY株σB蛋白二級結構功能及B細胞和T細胞抗原表位。相似性分析結果顯示,NDRV QY株與國內其他地區(qū)分離的鴨呼腸孤病毒(DRV)氨基酸相似性達到94.9%~98.9%,與禽呼腸孤病毒(ARV)及番鴨呼腸孤病毒(MDRV)的相似性僅為66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;選擇壓力分析顯示,σB蛋白承受凈化選擇壓力,但存在一個正向選擇位點;σB蛋白屬于親水蛋白,不具有信號肽和跨膜區(qū),含有潛在的O-糖基化位點;結構預測分析顯示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折疊、β-轉角及無規(guī)則卷曲等豐富的二級結構;表位分析顯示,σB蛋白含有潛在的B細胞和T細胞抗原表位。本研究成功進行了QY株σB蛋白的基因特征和結構功能預測及其細胞表位分析,為深入了解該蛋白的免疫學特性及研發(fā)NDRV新型疫苗奠定了基礎。
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