小尾寒羊ACAA1基因CDS克隆及組織表達譜分析
關(guān)鍵詞：小尾寒羊 acaa1基因 克隆 生物信息學分析 組織表達
摘要：為探索乙酰輔酶A?；D(zhuǎn)移酶1(acetyl-coenzyme A acyltransferase 1,ACAA1)基因的生物學功能,明確該基因在小尾寒羊不同組織中的表達差異,試驗采集小尾寒羊心臟、肝臟、胃、十二指腸、小腸、背最長肌、皮下脂肪組織,提取總RNA,根據(jù)GenBank中公布的綿羊ACAA 1基因序列(登錄號:XM_004018227.3)設(shè)計引物,利用RT-PCR和分子克隆技術(shù)獲得小尾寒羊ACAA 1基因完整CDS,并對其進行生物信息學分析;利用實時熒光定量PCR檢測該基因在小尾寒羊不同組織中的表達差異。結(jié)果顯示,小尾寒羊ACAA 1基因CDS長為1 071 bp,編碼356個氨基酸;小尾寒羊ACAA 1基因氨基酸序列與綿羊、山羊同源性最高,約為100%,與食蟹猴、狒狒和野豬的同源性均為93.0%;系統(tǒng)進化樹結(jié)果顯示,小尾寒羊與綿羊、山羊位于同一分支,親緣關(guān)系較近,與穿山甲、狒狒的親緣關(guān)系較遠;各物種間同源性較高,保守性較強。ACAA1蛋白分子質(zhì)量約為36.92 ku,分子式為C 1603 H 2638 N 458 O 501 S 18,理論等電點為7.48,半衰期為30 h,消光系數(shù)為9 440,穩(wěn)定系數(shù)為40.88,脂溶系數(shù)為92.67,親水性氨基酸殘基約占58%,為不穩(wěn)定的堿性脂溶性親水蛋白;不存在跨膜結(jié)構(gòu)與信號肽,不是分泌蛋白;主要分布在過氧化物酶體,存在25個磷酸化位點、3個潛在的N-糖基化位點和4個O-糖基化位點。ACAA1蛋白二級結(jié)構(gòu)含有α-螺旋(37.92%)、β-折疊(12.64%)和無規(guī)則卷曲(49.44%),三級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果與其一致。實時熒光定量PCR結(jié)果顯示,ACAA 1基因在小尾寒羊不同組織中均有表達,其中在肝臟、皮下脂肪、小腸中表達量相對較高。本試驗結(jié)果為進一步探索小尾寒羊ACAA 1基因生物學功能及篩選與肉質(zhì)性狀相關(guān)的候選基因提供依據(jù)。
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