人支氣管上皮HBE細胞中p53相關(guān)的放射誘導(dǎo)表達長鏈非編碼RNA的鑒定和生物功能預(yù)測分析
關(guān)鍵詞：長鏈非編碼rna p53 支氣管上皮細胞
摘要：目的鑒定人支氣管上皮HBE細胞中p53相關(guān)的γ射線誘導(dǎo)表達的長鏈非編碼RNA(lncRNA)分子,為研究與p53關(guān)聯(lián)的lncRNA分子在放射損傷反應(yīng)如上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化中的作用機制提供信息。方法使用CRISPR-Cas9基因編輯技術(shù)構(gòu)建p53敲除的人支氣管上皮細胞(HBEp53-/-),Western印跡法檢測P53表達水平,lncRNA芯片雜交分析lncRNA表達譜的改變,實時定量RT-PCR分析驗證部分lncRNA分子的表達變化,生物信息學(xué)技術(shù)分析差異變化lncRNA的生物學(xué)功能。結(jié)果與野生型HBE細胞相比,HBEp53-/-細胞在照射后有239條lncRNA出現(xiàn)上調(diào)表達,287條出現(xiàn)下調(diào)表達。上調(diào)和下調(diào)表達前5位lnc RNA的差異表達變化經(jīng)PCR得到驗證。生物信息學(xué)GO分析表明,前10位差異表達的lncRNA的靶基因主要涉及β3腎上腺素受體結(jié)合蛋白、酪氨酸激酶活性蛋白、DNA結(jié)合蛋白、鋅離子跨膜轉(zhuǎn)運體蛋白、突觸融合蛋白結(jié)合蛋白和泛素結(jié)合蛋白等分子功能。KEGG分析表明,差異表達lnc RNA的靶基因功能的生物體系統(tǒng)主要涉及感知、神經(jīng)、免疫、內(nèi)分泌、環(huán)境適應(yīng)、發(fā)育和循環(huán)系統(tǒng)等。結(jié)論鑒定了人支氣管上皮HBE細胞中與p53相關(guān)的放射誘導(dǎo)lncRNA分子;經(jīng)生物信息學(xué)預(yù)測,發(fā)現(xiàn)這些lncRNA分子在細胞照射應(yīng)答過程中,涉及多種生理功能,參與多個功能信號通路。
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